Le gouvernorat de Jendouba se situe à l'extrémité nord-ouest de la Tunisie (à 150 kilomètres de la capitale). Il est limité par les gouvernorats du Kef et de Siliana au sud, le gouvernorat de Béja à l'est, la frontière algérienne (135 kilomètres) à l'ouest et la mer Méditerranée au nord (avec un littoral de 25 kilomètres).
Ce gouvernorat se distingue par le climat le plus pluvieux du pays avec des précipitations annuelles atteignant 1000 millimètres sur le littoral et dépassant 1500 millimètres à Aïn Draham. La température moyenne se situe entre 5 et 10°C en hiver et entre 25 et 30°C en été.
Administrativement, le gouvernorat est découpe en 9 délégations, 8 municipalités, 10 conseils ruraux et 95 imadas.