Situé à 105 kilomètres de la capitale, le gouvernorat de Béja constitue une zone de liaison géographique entre les gouvernorats voisins. Il est délimité par la mer Méditerranée (26 kilomètres de littoral au nord), le gouvernorat de Siliana au sud, le gouvernorat de Jendouba à l'ouest, le gouvernorat de l'Ariana à l'est et le gouvernorat de Zaghouan au sud-est.
La température moyenne y est de 18°C. Il existe deux types de climats :

• un climat humide avec une pluviométrie de 600 à 1 200 millimètres (au nord) ;
• un climat assez sec avec une pluviométrie de 350 à 450 millimètres (au sud).

Administrativement, le gouvernorat est découpé en neuf délégations, huit municipalités, huit conseils ruraux et 101 imadas.